扁家涉及的國務機要費、洗錢、南港展館、龍潭購地四大弊案以及追加起訴部分，台北地方法院11日下午一審宣判，前總統陳水扁、妻子吳淑珍均重判無期徒刑、禠奪公權終身，兩人要繳的罰金合計5億；陳致中判處2年6個月，黃睿靚判處1年8個月，緩刑5年，兩人各罰金1.5億元，法官因考慮到黃睿靚要照顧幼子，給她緩刑機會，但要多交2億。全案仍可上訴。
這起備受矚目的世紀審判終於出爐，由於判決書多達千頁，無法在宣判當日出爐，媒體只拿到36頁的判決主文。在14名被告中，前總統府專員陳鎮慧因協助檢察官、法官突破扁案，是唯一獲得免刑者；吳淑珍中學同學蔡美利雖遭起訴，但因罹患重病，在扁案審理期間即聲請停止審判，在本次判決中缺席。
審判長蔡守訓在判決主文中強調，「陳水扁不知以民意為圭臬，反省自躬，反而窮盡總統的權力，操控國家行政，大肆進行全面性的滅證、偽證跟串供」。
法官認為，陳水扁有幸獲人民信賴榮登元首，現仍享有卸任禮遇尊崇，本應將「作之君、作之師」銘刻於心，卻縱容家人、親信以權生錢，致立意良善的國務機要費淪總統家族零用金。
判決指出，陳水扁身為一國元首，當知「一家仁、一國興仁，一家讓、一國興讓，一人貪戾、一國作亂」不變之理，卻公開高舉改革大旗，行貪腐之實，以空前繁複手段將不法所得洗至國外，「明知己咎，卻以前朝不法在先，發動轉型正義攻勢」，企圖合理化自己惡行。
在吳淑珍部分，法官指出，吳淑珍因意外受身體上殘疾，固甚可憫，卻以總統夫人之尊，非但不力持廉潔，反每每以權勢地位，獲取鉅額私利，還將陳水扁總統職位限縮於財團豪閥之服務，扁珍2人犯罪所得之高，令人咋舌。
審判長蔡守訓會判的這麼重，是因為合議庭認為陳水扁涉嫌6條罪嫌，包括國務機要費、侵占公有財物部分，光是刑法修正前，他就被判處無期徒刑，褫奪公權終身，罰金3500萬；刑法修正後，有期徒刑20年，另外，公務員利用職務詐取財物罪，不實犒賞清冊部分，有期徒刑10年罰金400萬，褫奪公權5年；以私人發票詐領非機密費部分，判處14年，罰金1300萬，褫奪公權7年；龍潭購地案，陳水扁涉嫌公務員職務上收賄，判有期徒刑20年，併科罰金1億5千萬，褫奪公權10年；而陳敏薰交付千萬賄賂案，陳水扁涉嫌職務上行為收受賄賂，判有期徒刑8年，併科罰金500萬，褫奪4年。
吳淑珍涉嫌7條罪嫌，比陳水扁多一條，包括國務機要費中侵占公有財物部分，刑法修正前，處無期徒刑褫奪公權終身，併科罰金3500萬；刑法修正後，侵佔公有財物有期徒刑12年，褫奪6年；以不實犒賞清冊詐領國務費非機密費，有期徒刑10年，併科罰金400萬；以私人發票詐領非機密費，職務上詐領財務，有期徒刑14年，併科罰金3300萬。龍潭購地案，吳淑珍觸犯職務上行為收受賄賂，判有期徒刑20年，併科罰金1億5千萬；南港展覽館，涉嫌行為收受賄賂，判有期徒刑18年，併科罰金9500萬；另外陳敏薰行賄案，吳淑珍涉嫌職務上行為收受賄賂，判有期徒刑8年，併科罰金500萬；至於辜仲諒部分，陳水扁吳淑珍涉嫌的非主管職務圖利，以及違反政治獻金法，都被判處「無罪」。
至於強調自己是被支配的人頭陳致中夫婦，法官在判決書裡以「知足常足，終生不辱，知止常止，終生不恥」16個字，批評兩人雖然在案發時，沒有固定工作，但以他們的知識程度怎麼可能不知道，自己獲得的財富，是父母憑總統職位謀來的不法所得。雖然兩人在審判過程，終於自白認錯，但是犯罪所得高昂，還在戶頭裡的款項，高達我國年平均所得(約1.8萬美金)的2000倍之多，到現在還沒有要繳還的意願，可以說是口惠實不至。
此外，蔡守訓還向檢方告發陳幸妤、陳致中、趙建銘以及當初提供阿珍假發票的李碧君在國務機要費中涉嫌貪污；陳心怡、陳慧雯（湮滅證據罪）；前國科會主委魏哲和（偽證罪）、竹科管理局前局長李界木（偽證罪）；施麗雲、羅勝順（偽證罪），均移請檢方偵辦。至於龍潭購地案中的關係人辜成允則是被告發詐欺、洗錢罪嫌。
其他被告判刑如下：
前總統府秘書長馬永成：20年有期徒刑，褫奪公權10年。
總統辦公室前主任林德訓：16年有期徒刑，褫奪公權8年。
總統辦公室前出納陳鎮慧：免刑。
蔡銘哲：有期徒刑2年，緩刑5年，並應向公庫支付新臺幣3佰萬元。
蔡銘杰：有期徒刑2年，褫奪公權1年，緩刑5年；並應向公庫支付新臺幣1千萬元。
竹科管理局前局長李界木：有期徒刑3年，褫奪公權3年。
力麒負責人郭銓慶：有期徒刑6個月，減刑3個月，褫奪公權1年。
吳景茂、陳俊英：分別判處有期徒刑2年、緩刑5年，並應各向公庫支付新臺幣3百萬元。
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